Im 13. Jahrhundert ist der Ort als "Husin" belegt. Der spätere Zusatz "Schaiblis" geht wohl auf eine im Ort ansässige Niederadelsfamilie mit Namen Schadwin zurück. Diese waren Dienstleute der Grafen von Berg, welche die Oberhoheit am Ort hatten.
Von diesen gingen die Rechte 1343 an Österreich. Später waren hier die Klöster Marchtal und Urspring begütert. 1681 erhielten die Grafen Schenk von Castell mit der Herrschaft Berg-Schelklingen die Pfandherrschaft und später auch die Lehensherrschaft über den Ort. Seit 1805 gehörte Schaiblishausen als Teil des Oberamtes Ehingen zum Königreich Württemberg.
Der früheste Nachweis für die den Heiligen Magnus und Leonhard geweihte Kapelle blieb aus dem Jahre 1492 erhalten. Der heutige Bau stammt jedoch weitgehend aus dem Jahre 1890. 1973 wurde Schaiblishausen zusammen mit Bockighofen Teilort von Ehingen.